Introduction. Glioblastoma is the most common primary malignant glial tumor of the brain in adult patients. Median overall survival for this pathology varies between 3 and 12 months, and only 5 % of patients live for more than 5 years. Current treatment methods allow to slightly increase lifespan of the patients with glioblastoma but not in all cases.
Aim – to determine the utility of full exome sequencing of biopsy materials of patients with glioblastoma using expanded gene panel for prescription of new targeted therapy.
Materials and methods. The study included 28 patients with glioblastoma multiforme. Foundation One CDx assay was performed using DNA extraction from a paraffin block and next-generation sequencing. In total, 4 classes of genomic changes in 324 genes, introns of 34 genes taking part in rearrangements, as well as microsatellite instability and tumor mutation load were evaluated. For every tumor profile, individual therapy options were identified in accordance with the current knowledge, references for the relevant scientific studies were included. From some patients, feedback was received allowing to evaluate the dynamics of their condition and changes in therapy after the performed study.
Results. Genes in which mutations are the most common were identified: EGFR – in 11 patients, CDKN2A – in 13, TP53 – in 9, TERT (frequent mutations in TERT gene promoters с.-124C>T and c.-146C>T) – in 15, MTAP – in 10. Mean mutation level was 4.5 mutations/ MB and tumors did not have microsatellite instability. For 6 patients, appropriate targeted therapy was identified.
Conclusion. Sequencing using an extended gene panel is justified and recommended for patients with glioblastoma multiforme for selection of new targeted therapy.
Введение. Глиобластома – наиболее часто встречающаяся первичная злокачественная глиальная опухоль головного мозга взрослых пациентов. Медиана общей выживаемости при этой патологии варьирует от 3 до 12 мес, при этом лишь 5 % больных живут более 5 лет. Современные методы лечения позволяют несколько увеличить продолжительность жизни пациентов с глиобластомой, но не во всех случаях.
Цель исследования – определить целесообразность направления биопсийного материала пациентов с глиобластомой на полное экзомное секвенирование с использованием расширенной панели генов для назначения новой таргетной терапии.
Материалы и методы. В исследование вошли 28 пациентов с мультиформной глиобластомой. Проведено исследование Foundation One CDx, использовались метод экстракции ДНК из парафинового блока и секвенирование нового поколения. Оценивали 4 класса геномных изменений в 324 генах, интроны 34 генов, участвующих в перегруппировках, а также микросателлитную нестабильность и мутационную нагрузку опухоли. Для каждого профиля опухоли подобраны индивидуальные варианты терапии в соответствии с современным состоянием научных знаний, даны ссылки на соответствующие научные исследования. От некоторых пациентов удалось получить обратную связь для оценки динамики их состояния и наличия изменений терапии после выполненного исследования.
Результаты. Определены гены, в которых наиболее часто встречаются мутации: EGFR – у 11 пациентов,CDKN2A – у 13, TP53 – у 9, TERT (часто встречающиеся мутации промотора гена TERT с.-124C>T и c.-146C>T) – у 15, MTAP – у 10. Установлены средний уровень мутационной нагрузки 4,5 мут/ МБ и отсутствие микросателлитной нестабильности опухоли. Выявлены 6 пациентов, которым удалось подобрать таргетную терапию.
Заключение. Секвенирование с использованием расширенной панели генов целесообразно и рекомендуется пациентам с мультиформной глиобластомой для подбора новой таргетной терапии.